九州大学主幹教授、都市研究センター長、ユヌス＆椎木ソーシャル・ビジネス研究センター長。経済産業研究所ファカルティフェロー、農林水産政策研究所客員研究員を兼任。　

馬奈木氏の研究は、都市化、交通、エネルギー、気候変動、人口変動に焦点を当てたサステナビリティ指標の測定とその経済価値の証明である。自然資本、人的資本、物的資本を統合した包括的な富指数（新国富指標）を提案。包括的な富は、人間の幸福の根底にあり、GDPを超える資産で構成されている。

第16回日本学術振興会賞受賞。第25期、第26期日本学術会議会員。世界最高峰の研究者としてクラリベイト高被引用論文著者に選出。
国連「新国富報告書」代表、国連・SDGs報告2023評議員、国連・持続可能性のための新しい資本円卓会議委員、経産省産業構造審議会臨時委員、環境省中央環境審議会臨時委員、日本学術会議「サステナブル投資による産業界のインパクト」代表などを歴任。